真菌（fungus）是一大类真核细胞型微生物。细胞核高度分化，有核膜和核仁，胞浆内有完整的细胞器。细胞壁由几丁质后纤维素组成，不含叶绿素，不分化根、茎、叶。少数为单细胞，大部分真菌为多细胞结构。
真菌以腐生或寄生方式生存，按有性或无性方式繁殖。
真菌的原发性感染不如细菌和病毒多。除真菌感染引起疾病外，因食入某些真菌或其产生的毒素而导致急性或慢性中毒称为真菌中毒症，多表现有肝、肾、神经系统、造血组织等病变；有些真菌毒素还有致癌作用，如黄曲霉毒素等。
真菌是一类重要的真核微生物，真核微生物是指细胞核具有核膜，能进行有丝分裂，细胞质中存在线粒体或同时存在叶绿体等细胞器的微小生物。真核细胞的结构比原核细胞复杂得多，最主要的区别在于真核细胞具有固定形状的、核膜包被的细胞核。
真核微生物包括植物界的显微藻类，动物界的原生动物，菌物界的真菌、黏菌和假菌。
真菌有细胞壁，产生孢子，其主要的分支为：酵母菌、霉菌、蕈菌。酵母菌、霉菌、蕈菌都不是分类学上的名词，仅是泛指一些具有相同特征的真菌。真菌的习性各异，有些为水生，但大部分为陆生，生长在土壤或死亡的植物材料上，还有少部分真菌寄生在包括人类在内的动物体内。